先週の会社のセミナーでGWASとPost-GWASについて、特にPhe-WASについて話をしました。その資料を公開します。

海外文献紹介として「Phe-WAS」という言葉を挙げている記事はいくつかありますが、PheWASの手法や利点・欠点について日本語で解説した資料はなかなかなく、かなり詳しい方に入ると思います。海外文献ではPhe-WASを用いて実際に行った網羅的探索を報告した論文の他にも、以下の2記事がおすすめです。

• Linking Genes to Diseases by Sifting Through Electronic Medical Records (New York Times 2013年11月28日)

Phe-WASに関するNew York Timesの記事、提唱者のJoshua氏がインタビューされています。

• PheWAS – the tool that’s revolutionizing drug development that you’ve likely never heard of (Drug Baron 2014年1月3日)

PheWASの利点・欠点を特に創薬の観点から詳しく議論しています。非常に参考になりました。

• Octopress-Slideshare-Plugin

OctopressへのSlideShareの埋め込みにはこちらのプラグインを使用しました。README.mdのやり方をそのまま実行して出来ました

今年はきちんとものを書こうと決めたので、個人サイトとブログの整備を行う。 個人サイトは昔作ったものがあったのでそれを掘り出して利用する。 ブログについては調べてみると、Octpress + Github PagesがMarkDownも使えて便利そうなのでこれを採用しようと思う。

数式の表示

$$\begin{align*} & \phi(x,y) = \phi \left(\sum_{i=1}^n x_ie_i, \sum_{j=1}^n y_je_j \right) = \sum_{i=1}^n \sum_{j=1}^n x_i y_j \phi(e_i, e_j) = \\ & (x_1, \ldots, x_n) \left( \begin{array}{ccc} \phi(e_1, e_1) & \cdots & \phi(e_1, e_n) \\ \vdots & \ddots & \vdots \\ \phi(e_n, e_1) & \cdots & \phi(e_n, e_n) \end{array} \right) \left( \begin{array}{c} y_1 \\ \vdots \\ y_n \end{array} \right) \end{align*}$$

参考にしたサイト

Octpress + Github Pagesの連携について

• Glide Note

Rubyの管理はrbenvで既に行っていたので、rvmは使用しなかった。

数式の表示について

• Carpe diem (Felix’s blog)

ここに書いている通りに行ってうまくいった。